Bad Cheese дарит игровой процесс, в котором маленький мышонок выполняет ряд домашних дел, проводя выходные с неблагополучным отцом в отсутствие матери. Ключевая задача — сохранять благосклонность родителя и избежать наказания в доме, разделяемом с братом и другими демоническими существами. Мышонку предстоит мыть полы, готовить картошку фри, уничтожать пауков и приносить отцу лекарства. Все эти хлопоты отражают попытки ребенка правильно себя вести во взрывоопасной домашней атмосфере, где главная цель — осчастливить папочку.

Исследование семейного жилища является одним из ключевых элементов Bad Cheese, представляя мир с точки зрения ребенка. Перемещаясь по разным комнатам, мышонок ищет разбросанные лакомства и фигурки, выступающие единственным источником радости. Подобные поиски дают временную передышку от всепоглощающей необходимости следить за настроением отца. Таким образом, перемещение по дому вскрывает сложные ситуации и ужасающую правду о существовании маленького грызуна в ненормальной семье.

Повествование в этом психологическом хорроре раскрывается через рутинные действия, обрамленные визуальным стилем, вдохновленным анимацией 1920-х годов. Игрок наблюдает за событиями от первого лица ребенка, напрямую сталкиваясь с сюрреалистичной реальностью быта. Непростые ситуации и загадки, связанные с окружением, нарушают привычный уклад жизни. Вся игра сфокусирована на стараниях мышонка создать видимость нормальности и выжить в условиях разрушительных семейных отношений.