Brotherhood — это шутер от первого лица, сюжет которого повествует о побеге из тайного научного комплекса. Главный герой является подопытным, чей организм оказался невосприимчив к опасному мутагену. Это вещество не только не причинило ему вреда, но и наделило почти неуязвимостью, превратившись в источник силы. Протагонисту предстоит пробиться на свободу сквозь мрачные коридоры древней тюрьмы, расположенной в горах Швейцарии. Именно здесь таинственное религиозное братство проводит бесчеловечные эксперименты над сотнями людей.

Игровой процесс полностью соответствует канонам боевиков девяностых. Здесь нет маркеров заданий или каких-либо подсказок, а выживание зависит исключительно от рефлексов и навыков. Продвижение вперед требует от геймера постоянной бдительности и исследования запутанных уровней. Чтобы выбраться из комплекса, необходимо:

• внимательно осматривать локации в поисках боеприпасов и аптечек.
• находить ключ-карты для доступа в закрытые секторы.
• обнаруживать многочисленные секреты и улучшения для арсенала.

Путешествие протагониста охватывает 6 актов и включает 24 масштабные локации. Маршрут побега пролегает через секретные лаборатории, раскаленные пустыни и старинную крепость, хранящую многовековую историю братства. На пути Brotherhood встанет более 20 разновидностей противников, от обычных солдат до киборгов и огромных боевых мехов. Для их уничтожения предусмотрен арсенал из 9 видов оружия, включая дробовик, огнемет и таинственное устройство под названием Бабочка.