Makai Agito предлагает ролевое приключение в декорациях современного города, который периодически сталкивается со сверхъестественными происшествиями. Сюжет разворачивается в городке Мокумацу, над которым каждые 13 лет тяготеет древнее проклятие. Геймерам предстоит погрузиться в историю, где двое журналистов объединяются с местными жителями для борьбы с повторяющимся феноменом, известным как Час Ведьм. Их общая задача — дать отпор сущностям, пришедшим из разных мифов и преданий, чтобы навсегда прервать череду бедствий в поселении. Предстоит распутать клубок тайн, связанных с этими событиями.

Игровой процесс Makai Agito строится на исследовании подземелий от первого лица и пошаговых тактических сражениях. В битвах нужно управлять командой, расставляя бойцов в передних и задних рядах для тактического преимущества. Ключевая особенность — возможность нанимать множество сверхъестественных созданий, называемых в проекте монстрами; эти создания становятся союзниками в обмен на деньги или определенные предметы. Такой элемент коллекционирования позволяет собирать отряд вызываемых помощников для противостояния Тайным сущностям, угрожающим Мокумацу.

Взаимодействие с нанятыми созданиями не ограничивается их вызовом в бою. Эта игра позволяет объединять различных монстров; в процессе слияния их умения комбинируются, порождая новые формы с уникальными наборами способностей. К тому же, союзников можно напрямую экипировать на героев команды. Такая экипировка дает бонусы, включая изменение стихийной принадлежности, получение новых умений для персонажа и улучшение его основных параметров, что увеличивает шансы на выживание в атмосфере ужаса и среди сверхъестественных угроз.