В Alchemy Story можно ощутить вкус фермерской жизни с элементами магии и зельеварения. Здесь необходимо играть за начинающую ведьму, которая живет в небольшой деревне. У игры есть предыстория, согласно которой многих жителей превратили в животных. Задачей главной станет помощь с приготовлением зелья, которое сможет развеять магию. Но это эта миссия является лишь фоном, не обязательно стремиться выполнить её как можно скорее. При желании можно просто наслаждаться исследованием мира, уходом за грядками и выращиванием животных.

В игре нет сражений, но всегда доступны другие активности:

• знакомство з жителями деревни;
• поиск магических ингредиентов и создание разнообразных зелий;
• уход за животными;
• выращивание самых разнообразных растений и сбор урожая;
• разведение пчел для лучшего опыления цветов и фруктов;
• добыча ресурсов в шахтах и лесах;
• ловля рыбы;
• продажа собранных растений и готовых блюд на местном рынке.

Со временем будет открываться все больше возможностей. Например, можно помочь портному отремонтировать ателье, чтобы открыть доступ к кастомизации персонажа. Иногда в процессе исследования мира будут попадаться различные артефакты и картины, их можно размещать в местном музее.

Важной частью геймплея Alchemy Story является развитие отношений с другими жителями деревни. Для этого нужно с ними общаться, помогать и дарить подарки. Со временем многие из них станут друзьями главной героини, есть возможность начать романтические отношения. Но все происходит в ритме игрока, никаких ограничений по времени или срочных квестов здесь нет.