Toolboy рассказывает о Герое, который случайно раскрывает заговор корпорации в отношении нового проекта, связанного с ведомством энергетики. Заговорщики замечают, что за ними кто-то подсматривает, и узнают, кто это был. Центральному персонажу предстоит пройти через смертоносные ловушки и спасти свою жизнь, открыв в себе новые способности. Головоломки, вооруженные противники и преграды окружения – малая часть того, с чем столкнется игрок во время прохождения.

Чем больше подопечный решает головоломок, тем больше сверхспособностей в себе открывает. Постепенно он становится более могущественным, что поможет сбежать ему из этого места. У бота имеется союзник – старый компьютер, отключенный от общей системы здания. Главный герой пользуется особенными информационными указаниями, получая подсказки и общаясь с напарником.

Геймплей разработан в стиле старой школы, а создатели вдохновились классическими проектами. Многие игровые механики были скопированы с Марио, Rochard и похожих игр. У подопечного имеется 4 специальные способности. Он способен превратиться в куб, чтобы выглядеть как элемент декорации и маскироваться от сканирующих дронов. SpeedRun помогает достигнуть большой скорости. Магнитная прогулка позволяет перемещать веские объекты и контейнеры, в дальнейшем используя их для прыжков и лазания. Пульт управляет некоторыми элементами, вращая их.