В Potion Permit город Мунбери нуждается в герое, который способен варить зелье, чтобы излечить от недуга дочку местного мэра. Симулятор алхимика обладает открытой концовкой, которую формирует сам геймер, где в процессе предложено заботиться о городских жителях, ставить каждому диагноз и находить способы его лечения. Здесь также придется заняться сбором ингредиентов и сражаться с монстрами, но только ради получения частей их тел для снадобий, и прокачивать постепенно город, получая высокий уровень одобрения горожан.

События отправляют в городок Мунбери, где знахарь уже не способен исцелять людей и теперь заболела даже дочка самого мэра. Протагонистом выступает лучший фармацевт, который варит разнотипные снадобья в котле, и путешествует вместе со своим собакой. Ассоциация врачей отправляет персонажа помочь местным жителям, чтобы исцелить их от разных недугов, ведь знахарь уже не справляется. Здесь обитает около 30 людей, которые периодически заболевают и обращаются за помощью. Игроку необходимо обследовать каждого больного на предмет заболеваний, щупать пульс, проводить различные манипуляции, чтобы поставить диагноз и создать правильное зелье, бальзам либо мазь. С этой целью сначала необходимо собирать ингредиенты, обследуя здешние локации, а также подбирать части убитых монстров, которые также пригодятся для зельеварения, поэтому герой вооружен не только серпом, но и топором и молотом.

Битвы в симуляторе алхимика проходят в реальном времени, в ходе которых герой также может накладывать разные эффекты на недруга, использовать собственные инструменты, что прокачиваются в процессе. Зельеварение проходит с помощью собранных ингредиентов и в котле, где предстоит варить все полученные элементы. Постепенно персонаж повышает собственный опыт, что открывает более продвинутые рецепты с мощными эффектами. Сам котелок также подлежит апгрейду для более эффективной работоспособности. Получил положительную репутацию, игрок заполучает возможность познакомиться поближе с горожанами, и прокачивать различные здания, а также отдыхать, заходить в таверны, ловить рыбу и наслаждаться спокойной жизнью в деревне. Питомец, вместе с которым прибыл протагонист, способен находить при необходимости скрытые предметы, и давать подсказки о местонахождении отдельных персонажей.