События Cyberia 2: Resurrection происходят спустя 3 года после того, как Зак пробуждается от криогенного сна. Первым делом он узнает, что его миссия не выполнена, поскольку появляется новое оружие массового поражения, созданное в ходе проекта Киберия. Теперь главный герой встретится с лидером-фанатиком, не останавливающимся перед опасностями и желающим заполучить полную власть на расой людей.

Чтобы пройти окончательную проверку, Заку понадобится вновь применить собственные навыки кибер-героя. Каждое прохождение генерируется процедурным образом, предоставляя случайно положение противников, задачи, ловушки, квесты и другие ключевые элементы игрового процесса. Большую часть времени пользователь управляет космическим самолетом, оснащенным передовыми пушками, лазерами и ракетницами. Бои произойдут вблизи планет, орбитальных станций, на континентах и вблизи астероидных полей, где можно применять окружение для своих выгод.

Подопечный пользуется костюмом с тепловым импульсом, способным создать смертельный заряд из руки. На определенных уровнях предстоит перемещаться пешком, в ходе чего геймер часто столкнется с ловушками. Скрытность помогает хитрить соперников, обходить их или незаметно убивать. Энергия самолета позволяет испускать беспрерывные вспышки синей силы. Зак применяет энергетическое вооружение и робота Чарли, дающего новую форму атаки. Его способность убивает всех противников в поле зрения экрана за большую часть энергии на машине.