Pongo представляет собой платформер с элементами экшена. У инди-проекта трехмерная, низкополигональная и мультяшная графика. В нем используется вид от первого лица. Действие игры происходит на летающих островах Флаббера.

Сам протагонист умеет только бегать. Геймплей построен вокруг устройства, что называется Pongo. Он сочетает в себе пого-стик и пистолет. В вертикальном положении этот гаджет позволяет высоко прыгать. А в горизонтальном состоянии он стреляет проджектайлами в противников. Враги представлены ходячими, летающими и ползающими созданиями, что не похожи ни на одно привычное животное. При попадании снаряда они быстро уменьшаются в размерах до тех пор, пока не исчезнут. В этом проекте нет крови и насилия. У героя есть шкала здоровья из трех сердечек. Если персонаж упадет в пропасть или потратит все жизни, то придется заново переигрывать карту.

Игра состоит из 45 уровней. Для прохождения этапа надо добраться от точки А к Б как можно быстрее. Постепенно добиться цели будет всё сложнее. На локациях помимо недругов расставлены ловушки и препятствия. Часто, чтобы забраться на возвышенность, приходится решать джампинг-пазлы. Иногда попадаются битвы с боссами. Управление может потребовать привыкания. В механиках придется разбираться самостоятельно, поскольку обучения нет. Присутствует возможность регулировать дальность и высоту прыжков.