Xenonauts: Xenophobia (X-Files) - глобальный модификация для UFO Defense, вносящий огромное количество изменений в геймплей оригинала. События разворачиваются в альтернативной реальности 1979 года. Идет холодная война между СССР и США. Основные механики разделены на две составляющие: стратегическую и тактическую. В первом случае необходимо создавать и прокачивать базу. Набирается персонал, проводятся научные исследования, обучается армия и т.д.

Тактическая сторона игрового процесса посвящена пошаговым наземным боям людей с пришельцами. Xenonauts: Xenophobia (X-Files) имеет важное нововведение - воздушные бои. Они происходят за счет истребителей и летающих тарелок. Наземные механики также претерпели изменения. Например, введены альтернативные условия победы, такие как уничтожение всех противников, вызволение союзных войск и т.д. Солдаты сражаются при помощи пистолетов, дробовиков, бластеров и других видов футуристического вооружения. Контент и особенности модификации:

• 86 видов дальнобойного оружия и 20 типов вооружения для ближнего боя;
• 6 дополнительных щитов и 8 видов защиты с возможностью ремонта непосредственно в бою;
• 2 дополнительные аптечки и одноразовые стимуляторы;
• 3 типа летательных аппаратов и 11 авиационных объектов;
• 675 уникальных карт для сражений;
• улучшенный искусственный интеллект и множество других нововведений.