CLANNAD Side Stories – это альтернативные варианты сюжетных историй, происходящих в оригинальном аниме тайтле под названием Кланнад. Игра выполнена в виде классической интерактивной новеллы, где предстоит наблюдать за героями из обычного японского городка Хикаридзака, желающих построить счастливую жизнь и добиться внутренней гармонии. Игроки будут направлять развитие рассказа, предпринимая выборы в определенных моментах романа и оказывая влияние на взаимоотношения между персонажами.

Центральное место в рассказе CLANNAD Side Stories занимает парень по имени Томоя Окадзаки, обучающийся в старшей школе. Юноша сталкивается с трудностями зрелого возраста, когда меняются внутренние ценности и приходится браться за ум. Проводя дни в повседневной рутине, однажды утром герой встречает загадочную девушку по имени Нагиса. Пообщавшись непродолжительное время, ребята начинают налаживать дружеские отношения. Девчонка мечтает возродить школьный драматический кружок и находит моральную поддержку в лице Томоя.

В процессе восстановления театрального кружка, герои столкнутся с массой неприятностей и заведут новых товарищей, попутно набирая в группу желающих поучаствовать в постановке. Каждый день Нагиса репетирует сольную сцену и помогает в развитии актерского мастерства другим ребятам, прибывшим для поддержки захватывающего мероприятия. Постепенно протагонист будет сближаться с девушкой, открывая в себе новые чувства и эмоции.