Загадочная история в Mizuiro выполнена в виде визуальной интерактивной новеллы, в которой показаны приключения Хиори, Кенджи и Юки. Ребята дружили в детстве, пока не произошла страшная ситуация, вследствие которой пропала одна из подруг. Девушки вынуждены были расстаться, чтобы забыть о совместных отношениях и начать жизнь с чистого листа. В один момент, героини сталкиваются с мистической ситуацией и объединяются для решения проблемы. В шкафу Кенджи появилась странная девчонка, полностью прозрачная и напоминающая духовную сущность.

Погружаясь в Цвет Воды, игроки получают возможность направлять развитие сюжета и предпринимать выборы в процессе прохождения. Предстоит наблюдать за разворачивающимися событиями и читать текстовые диалоги, происходящие между персонажами во время бесед. Протагонистки желают разобраться в странной ситуации, знакомясь поближе с загадочной незнакомкой и проводя некоторые эксперименты, чтобы понять сущность необычной девушки. Придется активно общаться с другими жителями, чтобы помочь призрачной подружке принять нормальную форму или обрести гармонию. Игра наполнена атмосферой потусторонней вселенной, показывающей геймерам с более красочной стороны восприятие жизни и смерти. Придется пробираться через перипетии сюжетных поворотов, происходящих с симпатичными и милыми дамами, нарисованными в анимешной стилистике.