Приключения школьницы в KotonaruMe позволяют геймерам очутиться во вселенной, где один из героев манги оживает и начинает помогать протагонистке по жизни. Игра наполнена дружелюбными персонажами и ламповыми сценами, демонстрирующими ценности семьи и дружбы. Девушка является большой поклонницей японских комиксов и однажды покупает редкий экземпляр, что достается ей раньше других детей. Став зачитываться историями из книги, протагонист рассказа случайным образом оживает и проникает во вселенную девчонки. Семья героини состоит из любящей мамы, а в круг её общения входят добрые товарищи, что смогут помочь ей разобраться с проблемой.

Сюжетная линия в КотонаруМе показывает построение взаимоотношений между девчонкой и героем из комикса, что удивлен был оказаться в неизвестном для него измерении. Придется аккуратно пообщаться с мамой и подружками, чтобы раскрыть тайну загадочного персонажа. Пользователи будут наблюдать за визуальной новеллой, где получится интерактивно оказывать влияние на окружающую среду и взаимодействовать с другими обитателями, проживающими в городке школьницы. Придется выстраивать отношения между друзьями, чтобы рассказать про странности, с которыми пришлось столкнуться девчонке и её новому другу, что прибыл в этот мир со страниц популярной манги. Игроки будут определять судьбу протагонистов, читая диалоги и определяясь с ответами или действиями, которые будут выполнять персонажи.