Hatsune Miku - The Planet Of Wonder And Fragments Of Wishes повествует о прерванном космическом путешествии, предпринятом Мику и ее спутниками. Их вояж обрывается, когда корабль терпит крушение на планете, из-за чего вся команда оказывается в чуждой среде. Это событие знакомит путешественников с местными обитателями, у каждого из которых своя история. Эти жители обращаются к Мику и ее друзьям с уникальными просьбами, для выполнения которых требуется помощь.

Ключевая задача юзера заключается во взаимодействии с этими фигурами и удовлетворении их заявленных желаний. Главным способом взаимодействия в Hatsune Miku - The Planet Of Wonder And Fragments Of Wishes является серия мини-игр. Тайтл содержит 9 различных испытаний для игрока, каждое со своим набором правил и целей. Предлагаемые активности включают задания на скорость нажатия кнопок и головоломки вроде пятнашек, требующие логического мышления.

Успех в этих состязаниях вознаграждает геймера валютой в виде монет, а их накопление влияет на итоговый счет. Такая структура формирует игровой процесс, в котором знакомство с обитателями планеты открывает доступ к различным занятиям. Каждое выполненное поручение приближает к главной цели — помощи местному населению. Прогресс измеряется количеством исполненных желаний и баллами, полученными в каждом состязании. Цикл встреч с персонажами, понимания их нужд и прохождения испытаний продвигает сюжет вперед.