В Command and Conquer: Red Alert 3 нам предстоит вернуть былое величие СССР. Лидеры Советского Союза разочаровались в мировом прогрессе, поэтому решили отправиться далеко в прошлое, чтобы избавить мир от Второй Мировой Войны, возобновить величие Матери России, сделать державу непобедимой в принципе, а не на словах. Но в момент путешествия во времени случается сбой, и машина делает альтернативную вселенную, куда также были сосланы Альянс и Японцы.

Советский союз не распадался вовсе, поэтому предотвратить ВМВ стало проще. Три соперника воюют между собой в интересной кампании, где каждой стране придется развиваться, строить базу, изучать технологии, добывать ресурсы, а после этого нанимать юнитов, чтобы отправиться покорять ближайшего соперника. Задумка СССР — отправиться в прошлое и убить Альберта Эйнштейна. Русские ученые думают, что убив этого человека, мир не получит того мощного вооружения, который сломал Советский Союз. В прошлом генерал-лейтенант убивает Альберта Эйнштейна простым рукопожатием — тот умирает из-за нарушения временного консилиума, и события в альтернативной вселенной полностью меняются: СССР на территории западной Европы захватывает территорию, почти уничтожает НАТО, не соглашаясь на уступки. Внезапно для державы на вас нападает Империя Восходящего солнца. Из прошлой части взяли всё, что более приятно игрокам: постоянные улучшения, быстрые бои и отсутствие так называемой «песочницы» в стратегии. Игроку придется комбинировать несколько типов юнитов, чтобы сформировать непобедимую стратегию. Такая тактика работает, в отличии от Command & Conquer: Red Alert 2. Также у стран будут свои характеристики:

• СССР. Очень слабая пехота, но используется как дешевая сила. Эффективна в большом количестве;
• Альянс. Высокотехнологичное древо Запада. Имеет заморозку, с помощью которой может уничтожать здания и юнитов с одного выстрела. Имеет сильную авиацию;
• Япония. Есть трансформеры. Самый сильный флот.