Несколько бойцов сопротивления из Valkyria Chronicles должны справиться с врагами, надвигающимися с двух сторон: Восточноевропейским Имперским Альянсом и Западноевропейской Атлантической Федерацией. Игроку предстоит играть за командира отряда, который бросает единственный взвод страны на защиту маленького государства.

Велкин — протагонист игры, распоряжается судьбами ему подконтрольных людей. Бои в игре происходят в тактическом и стратегическом жанре: мы ставим определенных персонажей на поле, и можем управлять ими в момент реального времени на пошаговой основе. Поскольку в игре есть несколько персонажей, каждый из которых обладает особенным классом, то в наших руках есть снайпер, гранатометчик, танкист (Велкин), и несколько солдат из сформированного ополчения.

Все классы сбалансированы между собой. Пехота отлично справляется с танками из-за медлительности вторых, снайперы и разведчики докладывают о появлении большого числа пехоты, а танкист — Велкин — умело расправляется с большим количеством пеших юнитов врага. В то время, как Вторая Европейская Война в самом разгаре, две сверхдержавы решаются захватить Галлию, чтобы воспользоваться безграничным количеством ресурсов на территории — рагнитами. В управление нам ложится не только Велкин, ставший лейтенантом, возглавившим ополчение, но и Алисией — которая является разведчиком среднего класса, и, по совместительству унтер-офицером главного героя. Стратегия в Valkyria Chronicles — это отдельная часть игры, где каждый играющий будет по новому узнавать сюжетную картину и управление героями.