CORPSE FACTORY переносит в современный крупный мегаполис Токио. Жизнь обитателей столицы сильно меняется, когда в сети обнаруживают некий сайт, при помощи которого зарегистрированные пользователи могут воплотить свое самое страшное желание – убийство любого человека. Как только поползли первые слухи о сайте в городе начали происходить странные убийства и с каждым днем их число все росло. Сюжет вращается вокруг группы молодых людей, которые начинают собственное детективное расследование.

Протагонисты CORPSE FACTORY узнают, как работает схема. Человек загружает на веб-ресурс фотографию человека, который обязан умереть. Через несколько дней жертва, изображенная на фото, получает уже измененную картинку – вместо живого себя, она видит труп с датой и точным временем клинической смерти. После этого она погибает при странных обстоятельствах в точно обозначенное время. Однако схема не означает практически ничего – герои до сих пор не понимают, как все работает на практике. Они хотят докопаться до истины, пока не пострадало много невинных. Все усложняется, когда один из главных персонажей также получает злополучное изображение.

Как и в любом другом визуальном романе, здесь акцент сделан исключительно на диалогах – геймер не может исследовать виртуальный мир или же совершать другие действия. Тысячи строк диалогов возникают на фоне красочных неанимированных картинок, нарисованных в популярном визуальном стиле аниме. Сюжет имеет несколько концовок. К какой придет пользователь зависит от принятых им ранее ключевых решений во время общения с персонажами.