В Sid Meier's Civilization 2 пользователь сможет ощутить себя настоящим божеством, которому необходимо следить за развитием человечества и наблюдать за его совершенствованием. Под его руководством человеческая цивилизация сможет пройти путь от каменного века до современности и дальнейшего вероятного прогресса по случайному сценарию. Начнутся ли между народами массовые войны спустя столетия или люди смогут прийти к мирным соглашениям?

Сюжет игры развивается в зависимости от действий и решений, которые совершает игрок в течение своего пути. Люди зачастую очень непредсказуемы, но постоянно руководствуются инстинктами и желают превосходить над себе подобными, увеличивая сначала свою физическую, а затем политическую силу. В первой части во многом все было сосредоточено на достижении целей военными и грубыми путями, но теперь разработчики значительно расширили дипломатические и демократические возможности государств. Верховные советники Civilization II:

• Военный – отвечает за вооруженные конфликты, завоевание территорией и улучшение отрасли во всех аспектах
• Финансовый – следит за экономическим состоянием мира, отлично понимает в торговле и нередко может подсказать скользкие и хитрые способы получения наибольшей выгоды даже из сложных ситуаций
• Научный – предводитель технического прогресса, в дальнейшем будет настаивать на освоении и колонизации космоса
• Международный – наблюдает за развитием отношений между государствами и политической ситуацией, видит несколько аспектов развязывания конфликтов
• Культурный – художественные деятели и прочие творцы его главная любовь, считает, что именно просвещение человечества в этом направлении влияет на характер поколения

После достижения 2020 г. или же переселения человечества в другие системы, игроку будет дана возможность перейти в бесконечный режим. В нем пользователь способен развивать свою цивилизацию до следующих тысячелетий и наблюдать за тем, что может произойти с людьми и выживут ли они. Ведь наличие ядерного оружия это не только метод запугивания своих конкурентов, но и бомба замедленного действия, которая в любом случае придет в движение.