SkullX: Aibohphobia ставит игрока во главе отряда наемников, получившего задание на эвакуацию биоинженера. Операция срывается после отключения связи, и команда оказывается в окружении существ, имитирующих человеческий облик. Основной целью становится выживание в течение ночи — испытание, управляемое поступками протагониста и пошаговыми сражениями.

Повествование представлено в виде интерактивной визуальной новеллы, где развитие событий напрямую зависит от совершаемых действий. Полная история SkullX: Aibohphobia разворачивается в 6 связанных главах, каждая из которых знакомит с новым главным героем. В игре представлена система разветвленного сюжета, запоминающая все совершенные поступки, из-за чего решения в одной главе влекут за собой последствия в следующей. Данный начальный эпизод содержит 5 действующих лиц, более 20000 слов текста и завершается одним из 6 возможных финалов, основанных на предпринятых шагах.

Эти исходы напрямую повлияют на все будущие части серии. Боевые сцены интегрированы непосредственно в развитие истории, сталкивая отряд с противниками, связанными с оккультными тайнами и демоническими сущностями. Каждый игровой персонаж обладает уникальным набором навыков для этих тактических пошаговых сценариев. Враги призваны испытать психологическую устойчивость героев, пока мир вокруг них методично разрушается нечеловеческими силами.