Shadows of Duat начинается в Египте в 1923 году, где археолог и ее команда находят гробницу неизвестного фараона. После спуска группы вглубь сооружение запечатывается, оставляя исследователей в полной темноте. Закрытие усыпальницы совпадает с пробуждением погребенного правителя и его бездействующих армий, ожидающих приказов и населяющих подземные проходы. Эта игра представляет собой сценарий выживания в замкнутом пространстве.

В Shadows of Duat игрок управляет одним из 4 различных персонажей: Археологом, Инженером, Наемником или Мудрецом. Каждый из них обладает уникальным набором способностей, предлагая разный способ пережить события, разворачивающиеся внутри места захоронения. С видом от третьего лица предстоит сражаться с ожившими солдатами, одновременно справляясь с острой нехваткой боеприпасов. Дефицит ресурсов превращает прямое столкновение в рискованный шаг, заставляя использовать смекалку для победы над силами фараона.

Уровни разработаны на основе египетского подземного мира из исторической Книги Врат. Сама гробница представляет собой динамичное окружение, где коридоры могут меняться, ведя в новые локации с угрозами без предупреждения. Продвижение часто связано с головоломками, требующими для решения внимательного наблюдения за статуями, фресками и другими деталями, а неудача нередко приводит к фатальному исходу для персонажа. Исследование лабиринтов захоронения может раскрыть уникальные предметы, а решения игрока на протяжении истории ведут к нескольким концовкам, определяющим судьбу членов экспедиции и остального мира.