Событие HeXen: Beyond Heretic разворачивается на планете Кронос. Этот мир захватил второй Змеиный наследник Коракс. В Heretic игрок боролся с его братом Д`Спарилом. Перед началом прохождения пользователь выберет одного из 3 персонажей: мага, клирика или воина. Сюжет начинается с того, как рассказывает геймеру, что главный герой – единственное существо, которое осталось в живых из своей расы.

Но в данной части имеется 3 персонажа, действующие независимо между собой. В кооперативном онлайн-прохождении юзеры способны объединить свои усилия, но сражаться с большим количеством соперников. Многопользовательское приключение включает одновременно 4 участников. Геймплей несколько подправили и разбавили монотонность шутера от первого лица. Здесь не только понадобится устранять монстров и внеземных существ, но и решать головоломки, взаимодействовать с окружением и искать секретные местечки.

Разработчики добавили возможность возвращения на ранее пройденные локации. На уровнях установлены кнопки, которые открывают двери по всему миру и иногда приходится возвращаться, чтобы смотреть, не открылся ли какой-нибудь проход. Игра пользуется улучшенным движком DOOM, позволяющим смотреть по сторонам, вверх и вниз. По сети могут играть 8 игроков и сражаться между собой. В сравнении с предыдущими проектами, тут появились расширенные территории, мерцающий свет, модифицированные капли и лужи крови, а подопечный научился прыгать.