В Empire of the Ants все становится понятно уже исходя из названия проекта. Так, под контролем у геймеров оказывается целый муравейник, который функционирует как полноценная живая система. Игрок - феромон, который отвечает за все возможные процессы, происходящие внутри этого маленького общества. Помимо муравьев, в процессах задействованы и другие мелкие насекомые, отвечающие за процессы обмена ресурсами, транспортировки и прочие вещи.

Структура проекта Empire of the Ants разделена на две части - сам муравейник и окружающий мир. Внутри муравейника нет возможности контролировать каждый шаг юнитов, определяя направление движения или фиксируя объем работы, который они должны выполнить. Все, что можно сделать - задать приоритеты по тем или иным задачам. Например, если становится понятно, что команда не успеет завершить поставленную задачу в срок, можно просто отменить её, предварительно заменить на кое-что более простое. Во внешнем мире все немного иначе.

Здесь карта делится на сектора, которые богаты ресурсами, продуктами питания и прочими полезными вещами. Так, можно отправить туда отряд работяг, чтобы они собрали достаточное количество веток, хвороста и прочих деталей для обустройства жилища. Но там же могут поджидать и враждебно настроенные насекомые. С ними в свою очередь должны справиться воины. За выполнение задач, победу над агрессорами и другие полезные действия геймер получает бонус в виде очков опыта. Их в свою очередь можно тратить на развитие юнитов, прокачивая их базовые характеристики.