Сюжет Raiden 5: Director's Cut продолжает историю предыдущих частей. Центральные персонажи принимают участие в озвученных разговорах, в которых идет повествование. Здесь история объясняет некоторые моменты, появившихся в предыдущих моментах игр. Пользователь узнает происхождение проекта Fighting Thunder и для чего необходимы кристаллы.

Действие разворачивается спустя 17 лет после того, как человеческая раса начала войну с кристаллами. Vanquish Crystal Defense ждет приказа, чтобы атаковать. Игровой процесс остался таким же, как и в предшественниках, но с некими изменениями и реальными локациями. Геймер столкнется с врагами в Англии, Швеции, Бельгии, Нью-Йорке и во Франции. Юзер выбирает 1 из 3 играбельных самолетов с второстепенными видами вооружения и определенной мощностью. Каждый транспорт имеет одинаковые бомбы, но разную характеристику: защиту, мобильность и уровень огневой мощи.

В Raiden V: Director's Cut появилась шкала щита, некой энергии, которая позволит пользователю выдерживать определенное число атак, прежде чем корабль начнет разрушаться. По окончанию уровня, юзер увидит пять уровней шкалы Flash Point, где будет показана подробная статистика за битву. В игровом процессе предстоит управлять космическим кораблем и сражаться с врагами. В многопользовательских матчах появилась система Cheer System, позволяющая подбадривать товарищей по команде.