Skyship Quest Story — ролевой симулятор небесных странствий, в котором капитан возглавляет экспедицию на летающем судне ради покорения воздушного океана. Пиксельное оформление сочетается со стратегическим планированием и элементами развития команды. Помимо мобильных систем и консолей, виртуальное приключение теперь доступно на персональных компьютерах. Стартовой точкой становится парящий остров, откуда начинается изучение неизведанных горизонтов. Впереди команду ждут оживленные курорты и опасные подземелья с монстрами. Защита территорий от вражеских набегов приносит ресурсы для расширения базы.

Подбор экипажа происходит среди обитателей поселений, готовых присоединиться к походу. Общение со спутниками помогает решать их проблемы, открывая редкие награды. Заработанное золото направляется на покупку снаряжения и улучшение летательного аппарата. Размещение объектов в каютах позволяет накапливать очки опыта. Непосредственно в Skyship Quest Story процесс развития не ограничен жесткими временными рамками. Расширение подконтрольных верфей дает доступ к покупке полезных предметов.

Боевые столкновения с противниками проходят автоматически силами выбранного отряда. Успех схватки зависит от распределения умений бойцов и экипировки. Изредка открывается ручное управление для залпов из орудий или совместных атак. Секретарь гильдии помогает сохранить достижения для последующего перезапуска. Режим новой игры позволяет перенести набранных специалистов в следующее путешествие.