Mana Khemia: Alchemists of Al-Revis погружает игроков в мир алхимии, предлагая им создавать оружие, броню и другие предметы. Геймеры собирают материалы во время исследований, боев или в магазинах, и каждый наделяется уникальными свойствами, которые можно перенести на вновь созданные объекты. Специальное "алхимическое колесо" позволяет настраивать качество ингредиентов, влияя на свойства конечного продукта. Рецепты изучаются на протяжении всей игры, их можно найти в книгах, почерпнуть из разговоров или даже экстраполировать из уже существующих.

Исследование позволяет обходить встречи или наносить удар первыми, начиная пошаговый бой, напоминающий игры Atelier Iris. В партии, превышающей три человека, игроки могут иметь резервную команду, которая подменяет их во время сражения, нанося дополнительные удары или заменяя персонажей, которые могут оказаться под ударом. Замененным персонажам требуется время на восстановление, прежде чем они снова вступят в сражение. По мере увеличения урона можно активировать режим "Burst Mode" для увеличения урона и количества выпадов. Позже, при определенных условиях, режим "Burst Mode" открывает "Finishing", позволяющий использовать мощное добивающее движение.

Развитие зависит как от алхимии, так и от боя. В отличие от традиционных ролевых игр, здесь нет очков опыта и уровней. Вместо этого в баталиях начисляются "очки действия", которые используются в "книгах роста" героя, чтобы открыть новые навыки и бонусы, связанные с созданием определенных предметов в книге. Действие разворачивается в течение школьных семестров, каждый из которых состоит из недель с событиями, курсами и свободными днями. Геймеры стремятся получить хорошие оценки и могут использовать свободные дни для выполнения нестандартных заданий, взаимодействия с персонажами и выполнения побочных квестов ремесленника, можно преодолеть трудности и разгадать тайны Mana Khemia: Alchemists of Al-Revis