Metal Unit повествует трагическую историю о будущем планеты. К 2060 году из недр и подземелий Земли стали прорываться злобные существа. А из космоса прилетели пришельцы, которые сперва обещали помочь, но в итоге захватили и практически полностью подчинили себе человечество. Юная девушка Джоанна – бесстрашный солдат в роботизированном костюме М-Unit 11, огнем и мечем прочищает себе путь к разгадке исчезновения родной сестры. Считается, что именно родственница главгероини предала людей и перешла на сторону инопланетных монстров, но так ли это, еще нужно разобраться.

Геймер выстраивает собственные тактики ведения боя и развития персонажа. Игровой мир Metal Unit поделен на две части – поверхность и подземелья. Если проходить первые карты, Джоанна будет продвигаться по сюжету, потеряет мудрого наставника и будет чувствовать вину за эту оплошность. По мере продвижения, геймера будут ставить перед необходимостью сделать выбор или совершить одно из нескольких действий. От такого решения будет зависеть дальнейшее развитие событий. За прохождение подземных миров игроку присуждаются дополнительные награды, которые усиливают способности героини. За использование атакующих и защитных умений, а также применение дополнительного снаряжения из инвентаря (заточенный бумеранг, молнии, гранаты) главгероиня будет копить исследовательские баллы, которые обмениваются на вспомогательную экипировку или изучение новых способностей.