Heart: Future Whispers сталкивает геймера с периодическими волнами роботизированных противников в перспективе с видом сверху. Действие разворачивается в антиутопическом будущем, где предстоит расследовать источник общественного хаоса — феномена, связанного с видением некой Мистры. Комбатантам необходимо применять тактические маневры и рефлексы для выживания в ходе этих атак. Ключевая механика заключается в противостоянии группам механических врагов внутри замкнутых боевых арен.

Уничтожение оппонентов в Heart: Future Whispers приносит валюту. Накопленные средства служат главным ресурсом для приобретения разнообразного оружия из ассортимента, доступного к покупке между боевыми этапами. Менеджмент ресурсов определяет, какие именно вооружения удастся заполучить для отражения нарастающих угроз. Каждый вид оружия предлагает уникальные боевые возможности, а инвентарь игрока пополняется за счет этих операций, напрямую влияя на способность выдерживать последующие столкновения.

Отдельный бесконечный игровой режим представляет собой непрерывное испытание на выживание, нацеленное на набор максимального количества очков. В этом геймплее вражеские волны становятся все труднее без определенного финала. Успех измеряется числом отраженных атак и заработанными очками до момента окончательного поражения. Такая структура целиком сосредоточена на выносливости и соревновании за лучший результат, отслеживая личные достижения в сравнении с ранее установленными рекордами.