Событие The Caligula Effect: Overdose происходит в программе с виртуальным измерением, известным как "Мебиус". Данный проект был разработан, чтобы люди были способны избежать боли в жизни и отвлечься от проблем, живя в идеалистичной обстановке средней школы. Центральный персонаж – один из участников группы, которая понимает, что находится не в реальности. Они создают клуб "Go-Home", чтобы сообща сбежать из заточения идиллической обстановки.

В богоподобной программе имеются надзиратели, жестоко карающие всех, кто не повинуется. Но, если не совершать глупостей или преступлений, то никаких вопросов к жителям не будет. Однако группа главных героев решается уничтожить этот ненастоящий мир, поскольку правительство не должно отвлекать от существующих проблем и завлекать в подобный аппарат, по их мнению. Группе предстоит сразиться с "Остинато-музыкантами", с теми, кто поддерживает надзирателей и считает Go-Home предателями.

Игрок перемещается по подземельям и участвует в пошаговых боях. По мере прохождения пользователь добывает экипировку и прокачивает подопечных. Каждая схватка с соперниками начинается после детального изучения местности. Группа персонажей состоит максимум из 4 участников с собственными способностями. В геймплее 9 героев, которых можно менять в партии по ходу сюжета.