Isle of Jura повествует об экспедиции Алекс на одноименный отдаленный остров — особую локацию, созданную для перемещения протагониста. Главный мотив героини — учеба; ей необходимы материалы о местной фауне для завершения биологического отчета. Чтобы достичь этой цели, Алекс документирует разнообразных рыб, обитающих в окрестных водах, через непосредственный контакт.

Игрок берет на себя управление Алекс, сопровождая ее в процессе исследования от третьего лица и сбора данных по территории острова. Путешествие включает полевые работы и методичное изучение географических особенностей, представленных в игровом мире. Геймплей в Isle of Jura делает акцент на рыбалке, предлагая отыскать и успешно выловить более 50 уникальных видов рыб. Успех в разных водоемах зависит от понимания и правильного применения 3 отдельных техник ловли, доступных в этом симуляторе.

Дополняет основной процесс рыбалки свобода изучения окружающего мира в темпе, который определяет сам геймер, что позволяет обнаруживать скрытые зоны или интересные предметы, разбросанные по местности. Во время странствий можно найти различные артефакты, которые напрямую способствуют заполнению журнала коллекции острова, представляя собой второстепенную задачу. Взаимодействие распространяется и на местное население, встречающееся на Юре. Появляются возможности пообщаться с разными жителями через диалоговые опции во время пребывания Алекс. Эти беседы могут дать полезные сведения или контекст, относящийся к локации или ее обитателям.