Главной локацией в Yandere Simulator является «Akademi High School». Вам предстоит играть за яндэрэ-тян — слишком влюбчивую особу, чувства которой, приводят к одержимости, насилию. Зовут её Аяно Айси, она готова пойти на всё ради внимания объекта обожания. Уровни разбиты на 10 недель, на протяжении них в нашего сэмпая, Таро Ямаду, будут влюбляться другие ученицы школы. Им необходимо 5 дней на то, чтобы признаться в своих чувствах, в пятницу они подойдут к Таро. Ваша задача — устранить конкуренток. Первой из таковых будет Осана Надзими.

У вас есть пару дней, чтобы придумать план устранения, следя за девочками, определяя их слабые места. Вариантов много — затравить социальным саботажем или шантажировать, решить всё мирно и полюбовно или пойти на крайние меры — убийство. Если вы сделаете это, у персонажа упадёт уровень вменяемости, влияющий на прохождение. Пополнить шкалу можно посмеявшись (эмоциональная разрядка — механика игры) или подойдя к Ямаду, только не попадайтесь ему на глаза.

Не злоупотребляйте нахождением рядом с любимым, Аяно начинает стесняться и экран становится розовым, она теряет оружие и ведёт себя странно. Парнишка испугается, если увидит вас в таком состоянии пару раз. Это приведёт к концу игры. Информационная брокерша, скрывающая своё имя, на протяжении всего времени будет снабжать нас оружием, инфой про наши цели, в обмен на странную валюту — фотографии трусиков девочек. Другие ученики будут выдавать побочные квесты, для фарма нужного снаряжения и фотографий для продвижения по сюжету. Помимо основной игры, присутствует «режим миссии» — выступите в роли наемного ассасина в тех же декорациях, но уже без сэмпая и сражений за него.