Kaiju Control Force ставит участников во главе команды выживших, отправляющихся на заброшенные объекты. В этих местах когда-то проводились исследования биоинженерных крыс, которые впоследствии сбежали после сбоя операций. Основной игровой процесс включает платформенные действия, такие как прыжки и карабканье по аркадным локациям с одним экраном, чтобы добраться до Отсека обслуживания Меха-Кайдзю. Пользователи применяют предметы из торговых автоматов, чтобы помочь в усилиях по возвращению города, захваченного существами.

Предыстория описывает период появления кайдзю, которые существенно не вмешивались в человеческую деятельность, что привело к созданию KCF для их изучения и потенциального сдерживания. Однако за 10 лет до событий игры одно такое существо вышло из моря и вошло в город, вызвав повсеместные разрушения. Kaiju Control Force фокусируется на ситуации годы спустя: этот конкретный кайдзю остается среди руин, проявляя злость, агрессию и явный дискомфорт. Цель команды связана с противостоянием этому существу и наследию объекта.

Геймеры выбирают из 4 доступных персонажей для преодоления испытаний на объектах KCF. Основными противниками выступают 14 разновидностей биоинженерных крыс, изначально созданных для борьбы с кайдзю, но теперь выступающих врагами. Проект предлагает 6 типов уровней с платформами и лестницами, рассчитанных на вертикальное и горизонтальное перемещение. Эти этапы содержат элементы процедурной генерации, влияющие на их структуру при повторных прохождениях.