Alcyone: The Last City представляет собой интерактивное научно-фантастическое повествование, где действия игрока определяют будущее последнего городского центра человечества. История разворачивается после универсального события, названного Нигилизм, которое разрушило предыдущие цивилизации, оставив только убежище, известное как Город. Геймеры перемещаются по миру, наполненному различными организациями и Домами, встречая на своем пути разнообразных персонажей.

Сделанный выбор напрямую влияет на разворачивающиеся события и предлагает разные взгляды на лор и структуру Города. Эти решения имеют вес с самого начала геймплея. В Alcyone: The Last City структура повествования значительно разветвляется в зависимости от действий юзера, ведя к более чем 7 различным концовкам. Можно развивать 5 разных романтических сюжетных линий, включая пути для аромантичных персонажей, ориентируясь в тысячах потенциальных точек принятия решений на протяжении всей игры.

Атрибуты персонажа, основанные на ролевых системах, а именно Тело, Сила, Разум и Обаяние, модифицируют взаимодействие с сюжетными элементами и влияют на доступные диалоги или поступки. Последствия следуют за выбором, формируя уникальный путь прохождения и предоставляя опыт, а не приводя к состояниям полного провала. Процесс начинается с активации протагониста в Учреждении Возрождения. Здесь предстоит определить свою персону, выбирая такие детали, как гендерная идентичность, социальный статус, прошлые отношения и даже обстоятельства возможной прежней смерти.