Bashtronaut ставит геймеров на место ED-870, Младшего Ликвидатора, работающего на корпорацию по борьбе с вредителями Invader-Be-Gone, Inc. Этот сотрудник стремится к повышению в Отделе Ликвидаторов — цели, не достигнутой предшественниками за десять лет, в основном из-за ухода с работы вследствие гибели или увольнения. ED-870 действует на арене, противостоя инопланетным вторжениям с использованием предписанных средств ближнего боя, что является частью структуры этого экшен beat 'em up тайтла.

Персонал сталкивается со значительным риском на данной должности. Боевые процедуры в Bashtronaut соответствуют экологическому регламенту Invader-Be-Gone под названием Oh no, Ozone!. Эта политика запрещает применение Лучевых Пушек, Фазерных Вспышек, Бластерных Винтовок, Лучевых Хлопушек и другого указанного оружия, генерирующего загрязняющие вещества. Поэтому сотрудники используют только предоставленные компанией низкотехнологичные тупые инструменты при отправке на операцию по Удалению захватчиков.

Недавнее внутреннее исследование компании выявило статистику смертности в 95 процентов среди работников Отдела Ликвидаторов; в Отделе Изолировщиков показатель составил 98 процентов — цифры, которые компания представляет как возможность для роста. В футуристическом сеттинге проекта предстоит противостоять силам вторжения в уникальных боевых столкновениях, выполняя при этом несколько контрактов от клиентов. Результативность на поле боя определяет вознаграждение в виде внутриигровых кредитов, которые обмениваются на одобренные компанией улучшения, призванные повысить эффективность и шансы на выживание.