Murder in Crayontopia кидает геймера в визуальную новеллу, где предстоит раскрыть правду о серии убийств. Нужно взять на себя роль следователя, перемещающегося по миру под названием Crayontopia. Ключевая активность заключается в сборе сведений и общении с обитателями местности после совершённых там преступлений. Придётся исследовать разные области, чтобы составить полную картину происшествий. Результат зависит от внимательности к деталям и понимания взаимосвязей между персонажами.

В Murder in Crayontopia задача шире простого поиска виновных в этом специфическом мире. Геймплей предполагает обыск множества локаций для поиска улик, предметов и деталей, способных пролить свет на обстоятельства гибели людей и связи между ними. Общение с местными жителями составляет важную часть процесса, ведь опрос персонажей открывает новые сведения и возможные зацепки. Кроме того, можно отклониться от основного расследования, сосредоточившись на вмешательстве в жизнь встреченных граждан вместо преследования убийцы.

Следствие достигает кульминации на этапе предъявления обвинений подозреваемым. Предстоит анализировать собранные показания и вещественные доказательства, чтобы определить, кто должен ответить перед обществом. Принятые по ходу повествования решения влияют на развитие сюжета и ведут к разным финалам истории. Изучение обширной предыстории, скрытых фактов и неафишируемых событий в Crayontopia является основой для продвижения по сюжету этой игры.