Metaphobia выполнен как квест с механикой point-and-click, где люди управляют действиями протагониста, Ричарда Элмстата. Геймплей предполагает взаимодействие с окружением и персонажами через исследование и диалоги, характерные для жанра. Центральная цель проекта — раскрыть сложное дело, связанное с насильственной смертью. Повествование следует за личными поисками Ричардом информации относительно гибели его отца.

История в Metaphobia начинается вскоре после убийства Карла Элмстата, недавно победившего на выборах мэра. Власти оперативно задерживают и осуждают человека, описанного как вор, за это преступление, официально закрывая расследование. Однако сын Карла, Ричард, сомневается в общепринятых деталях произошедшего и быстром завершении дела. Поэтому он начинает собственное разбирательство, чтобы понять все обстоятельства кончины родителя, подозревая Эдварда Рабана, политического оппонента отца.

По мере того как Ричард самостоятельно ищет зацепки, его находки указывают на то, что предоставленные властями объяснения могут скрывать глубинные факторы. Расследование вскрывает сведения, предполагающие, что истина находится глубже видимой городской жизни, намекая на ситуацию с большим количеством слоев, чем казалось изначально. Продвижение в этой игре включает посещение множества отдельных локаций и общение с более чем 20 другими личностями, связанными с событиями или вовлеченными сторонами. Путешествие Ричарда нацелено на выявление запутанной реальности, стоящей за убийством мэра.