Bearly Alive предлагает структуру, сочетающую основы tower defense с динамикой от третьего лица. Игрок управляет персонажем, задача которого — защита определенной территории от наступающих опасностей. Вселенная игры построена на предпосылке, где получение пропитания для одной группы неразрывно связано со страданиями другой. Этот центральный механизм определяет вовлеченность и ход разворачивающихся событий.

История Bearly Alive концентрируется на главном герое, мармеладном мишке, восставшем из небытия. Он стремится отомстить за свой народ, представителей которого систематически приносили в жертву существу, именуемому Богом Еды. В таких условиях существует нескончаемый источник пропитания, реальность которого напрямую обусловлена непрекращающимися муками сообщества мармеладных медведей. Задачей протагониста в этом игровом процессе становится прерывание порочного круга и борьба за освобождение соплеменников.

Боевые эпизоды предполагают возведение стратегических оборонительных сооружений и одновременное участие в непосредственных столкновениях с неприятелем. Вражеские отряды атакуют волнами, проверяя на прочность возведенные укрепления и боевые навыки. Ключевой персонаж применяет набор особых приспособлений и уникальных умений для преодоления этих испытаний. Успешность действий в этих эпизодах напрямую сказывается на будущем народа мармеладных мишек.