The Binding of Isaac: Repentance создана на базе оригинальной игры и всех дополнений, при этом включает новые локации, персонажей, врагов, боссов и предметов. Сюжет, как и прежде, основан на библейском сказании про Авраама и Исаака. Немного переделана графика и внесены некоторые правки в визуальный стиль и движок, из-за чего геймплей стал ощущать более плавнее и приятнее. В игре отныне 4 героя: Азазель, Эдем, Лазарь и Потерянный. Азазель стартует с маленькой серой. Эдем может начать игру с рандомными характеристиками. Лазарь обладает двумя жизнями, а Потерянный открывается лишь после того, как выполняются определенные условия.

"Жертвоприношение Исаака: Перерождение" содержит:

• 500 часов геймплея;
• 20 соревнований;
• свыше 450 объектов, среди которых 160 скрытых;
• более 100 персонажей;
• добавлено 25 противников и 16 боссов;
• несколько слотов для сохранения;
• кооператив на 2-х человек.

Среди дополнительных предметов появились такие артефакты, как Лёгкое Монстро, Слив, Черные и Красные свечи и многие другие. Характеристики некоторых персонажей остались прежними, но некоторых пришлось значительно перебалансировать. В The Binding of Isaac: Rebirth присутствует секретный босс Молчание. К нему можно добраться только в том случае, если удастся уничтожить финального главаря на уровне Мамино Сердце менее, чем за 30 минут. В связи с тем, что игра разрабатывалась на новом движке, часть механик была вырезана, либо заменена на новые.

Новшества в механиках геймплея и интефрейса:

• возможность сохраняться;
• два уровня сложности: нормальный и сложный;
• убрано управление мышью, но добавлена поддержка геймпадов;
• полоска здоровья ограничивает количество сердец душ;
• можно иметь до 6-ти спутников;
• за скоростное прохождение открывается Комната вызова;
• Комната Ангела станет доступной после достижения определенного количеств веры.