Clink ставит игрока в роль женщины, живущей в добровольном уединении в старом доме только со своим котом и погребенными воспоминаниями. Центральный конфликт заключается в вопросе, являются ли ее переживания симптомами предписанной болезни или проявлением чего-то потустороннего. Однажды утром привычный уклад героини нарушается: одна из дверей заперта, ключ исчез, а в голове эхом отдается металлический звон. Тревогу усугубляет мимолетное видение гниющей субстанции в ванной и записка на зеркале от куклы из ее детства.

Эти события вынуждают женщину столкнуться с прошлым, которое она пыталась оставить позади. Жуткие события напрямую связаны с воспоминанием о проклятии бабушки, детали ее истории, о которой она давно забыла. Пока игрок перемещается по дому в Clink, основная задача — найти компоненты для сборки куклы. Успешное восстановление этой игрушки служит механизмом, открывающим потайной проход в гараже. Этот портал ведет не в другую часть здания, а в отдельный мир, рожденный из снов, прошлого или сломленного сознания героини. Разгадка мотивов бабушки становится главной целью.

За этим местом простирается локация с бесконечными лестницами, стенами со встроенными гробами и кишащими червями туннелями. Героине предстоит пройти через эти пространства, чтобы раскрыть дальнейшие детали сюжета. Продвижение вперед зависит от исследования мира и решения встроенных в него головоломок. Навязчивый металлический звук остается загадкой на протяжении всего пути, средняя продолжительность которого составляет 60 минут. Игра использует систему автосохранения для фиксации прогресса.