Yokai Landlord: Monster Mystery! ставит геймера в роль нового управляющего, получившего в наследство жилой дом после кончины родственника. Неизвестный информирует протагониста о присутствии Ёкаев, скрытно обитающих среди обычных людей. Основная задача заключается в идентификации этих нечеловеческих резидентов, старающихся замаскировать свою подлинную сущность, и это расследование начинается немедленно после первого же предупреждения на территории собственности.

Повествование Yokai Landlord: Monster Mystery! развивается на протяжении нескольких этапов, формируя единую сюжетную линию. С переходом от одной части истории к следующей, этот тайтл вводит смену сезонов, а также новых поселенцев и различных Ёкаев, занимающих места выселенных ранее. На каждой стадии целью становится сбор сведений, вычисление, кто из соседей принадлежит к нелюдям, представление доказательств своей версии и последующее выдворение данной личности. Ключевые вопросы сюжета вращаются вокруг причин проникновения сверхъестественных существ в здание главного героя и намерений человека, раскрывшего их присутствие.

Геймплей сфокусирован на непосредственном общении с обитателями апартаментов для сбора деталей, необходимых для опознания скрытых Ёкаев. Люди обращаются к протагонисту-домовладельцу с разными проблемами, включая жалобы или особые просьбы, а другие просто вступают в беседу. Посредством этих диалогов персонаж получает данные, требующиеся для разоблачения замаскированных созданий. Выявление несостыковок или странных утверждений в ходе разговоров дает потенциальные улики касательно идентичности Ёкая, что требует внимательного отношения к рассказам окружающих.