Super Destronaut ставит игрока во главе одного боевого корабля, противостоящего выстроенным формациям инопланетных захватчиков. Геймеры управляют своим судном по горизонтальной оси в нижней части экрана, что является дизайном, заимствованным из аркадных шутеров 1980-х годов. Основная задача — методично разбирать волны противников, спускающихся по заданным траекториям, где каждый устраненный неприятель пополняет общий счет.

Во время столкновений поверженные пришельцы могут оставлять временные усиления, напрямую повышающие скорострельность или разброс снарядов, предоставляя тактическое преимущество для зачистки поля боя. Геймплей в Super Destronaut структурирован несколькими форматами для одиночного прохождения. Классический режим предлагает аркадный игровой опыт, сфокусированный на накоплении очков на протяжении неопределенного числа этапов. Атака на время смещает задачу на устранение максимального количества захватчиков в строгих временных рамках.

Вариант Хардкор изменяет правила для более сложного противостояния, включая корректировки скорости оппонентов или частоты их атак, проверяя выносливость и реакцию геймера. Этот формат представляет повышенный уровень сложности для тех, кто ищет серьезное испытание своим навыкам. Помимо одиночных испытаний, игра включает локальный мультиплеер для 2 человек в соревновательном формате. Этот режим позволяет проводить прямые состязания на общей арене. Задача смещается с выживания против компьютерных оппонентов на переигрывание живого соперника.