Misty Judgment начинается с пробуждения главного героя, Ци И, от кошмара в странной реальности без четких воспоминаний. Не имея возможности подтвердить собственную личность, он расследует серию убийств, поданных в формате видео с реальными актерами. Главная задача — поиск и анализ улик, сопоставление фактов и вычисление преступника. Любое решение влияет на дальнейшие события, а будущее протагониста зависит от дедуктивных способностей игрока. Весь процесс тесно связан с личными попытками героя восстановить забытое прошлое.

Сюжетная структура Misty Judgment выстроена циклами, помещающими протагониста в разные декорации, например, в студенческий кампус или психиатрическую лечебницу. Действующие лица остаются прежними, но их роли и отношения с Ци И меняются в каждом новом сценарии. Игровой процесс построен на логической дедукции: геймер связывает разрозненные зацепки для выявления убийцы, скрывающегося среди персонажей. Такие повторяющиеся расследования создают запутанную петлю, в которой обрывочные воспоминания протагониста вступают в конфликт с происходящим. Выборы геймера определяют путь, ведущий к одной из нескольких концовок.

Ключевой особенностью тайтла является взаимодействие с постоянным набором действующих лиц. В их число входят репортер, высокомерная художница и бывший сосед по комнате, появляющиеся в разных амплуа. В перерывах между расследованиями можно общаться с несколькими женскими персонажами. Такое общение помогает выстроить более глубокие эмоциональные связи и открывает доступ к побочным историям, не связанным с основной загадкой. Эта механика добавляет элемент социальной стратегии, ведь выстраивание отношений происходит параллельно с раскрытием преступлений и попытками собрать воедино цельную картину из окружающего тумана неопределенности.