В Puzzle Quest: Immortal Edition представлена боевая система, решающая конфликты на сетке три в ряд. Геймеры собирают комбинации из 3 и более самоцветов одного цвета, накапливая ману для своего героя. Этот ресурс питает арсенал заклинаний и способностей персонажа, применяемых для победы над различными противниками. Успешные столкновения приносят награды, новые предметы и открывают путь к выполнению основных и побочных заданий в землях Этерии.

Создание персонажа является ключевым элементом, позволяющим развивать героя с уникальным набором умений и магических сил. В ходе приключений в Puzzle Quest: Immortal Edition игрок встретит компаньонов, готовых оказать поддержку в битвах. Можно изучить широкий спектр заклинаний и собрать разнообразное снаряжение, обеспечивая тактическую гибкость. Враги обладают различными сильными сторонами, что заставляет корректировать способности и экипировку протагониста перед каждым боем для достижения победы.

Помимо одиночных сражений, предстоит управлять собственной Цитаделью и заниматься её строительством. Крепость можно расширять новыми постройками, дарующими особые силы или открывающими доступ к кузнице для создания магических предметов из найденных рун. Эта игра также позволяет ловить существ, обучать их в качестве ездовых животных или исследовать в специальной мини-игре для изучения их заклинаний. Глобальная цель заключается в осаде и захвате городов по всей Этерии для расширения своего влияния в королевстве.