Block Fortress 2 переносит игрока на поверхность выбранной планеты, где предстоит возвести крепость для обороны. Нужно сооружать фортификации из имеющихся блоков, а затем готовиться к сражениям. Геймеры экипируют персонажей вооружением, расставляют отряды под управлением ИИ и лично защищают построенный опорный пункт от непрекращающихся атак противника. Чтобы уцелеть в этом мире кубического строительства, необходимо успешно отражать натиск врагов.

Юзеры применяют инструментарий Block Fortress 2 для постройки защитных конструкций по собственному замыслу. Среди доступных элементов для строительства есть стены, автоматические турели, капканы и другие специализированные блоки для охраны цитадели от наступления четырех уникальных рас неприятеля. Сражения предполагают подбор экипировки из множества видов оружия и снаряжения, создание вспомогательного отряда и схватки с оппонентами с видом от первого или третьего лица для обороны возведенного укрепления.

Процесс игры проверяет навыки в возведении сооружений, управлении юнитами и непосредственном столкновении с обитателями Блокверса. Кроме обороны подготовленных локаций, геймеры путешествуют между 10 разнообразными планетами на передвижном командном судне, каждая из которых обладает специфическими условиями. На этих мирах присутствует динамическая смена времени суток, погодные катаклизмы и опасности ландшафта, вроде лавы или кислоты, а также враждебные формы инопланетной жизни. Этот игровой проект содержит редактор, позволяющий создавать и обмениваться собственными уровнями.