В Ways of Alchemy игрок начинает свой путь в уединенной хижине, где с помощью карточной механики создает сильнодействующие эликсиры из множества компонентов. Финальная цель — выстроить на основе скромной лачуги целую алхимическую империю, используя интеллект и тактическое мышление. Для этого предстоит разыскивать старинные рецепты и вербовать авантюристов, постоянно избегая пристального внимания инквизиции.

Ways of Alchemy предлагает вариативную систему зельеварения, включающую более 100 ингредиентов, относящихся к 5 столпам реальности. Можно следовать проверенным инструкциям из гримуара для предсказуемого результата или пойти на риск, экспериментируя ради более мощных эффектов. Прогресс подразумевает расширение унаследованного жилища до процветающего поселения, что требует грамотного управления ресурсами и персоналом. Увеличение влияния неизбежно привлекает взоры местных властей, заставляя сталкиваться с последствиями собственных амбиций.

Изучение мира реализовано через отправку наемников в 24 опасные экспедиции по 5 разным регионам, предварительно снабдив их необходимыми снадобьями. Успешные вылазки вознаграждаются уникальными сокровищами, которых в проекте более 70, включая мощные артефакты и утерянные фолианты. Развитие персонажа открывает 15 специализаций, позволяя сосредоточиться на классической алхимии или углубиться в запретные практики, такие как некромантия и работа с плотью. Каждое решение в этой игре приближает к одной из 13 концовок на пути к завершению Великого Делания.