Yooka-Replaylee повествует о приключениях двух охотников за сокровищами, вспоминающих свою величайшую авантюру. Повествование начинается с крушения корабля и находки ценной книги, чьи страницы, именуемые Pagies, похищает антагонист Капитал Б. Основная задача — исследовать разнообразные миры для возвращения разбросанных реликвий. Число доступных для сбора Pagies удвоилось, а в новых и переработанных локациях появилось множество других коллекционных вещей. Все прежние испытания были улучшены или полностью заменены.

Геймплей Yooka-Replaylee строится на расширенном наборе движений и новых комбинациях, обеспечивающих плавное прохождение платформенных участков. С противников выпадает валюта Q.U.I.D.S., предназначенная для покупки предметов у разумного торгового автомата. Геймеры могут одновременно использовать несколько Тоников — особых улучшений, меняющих стиль прохождения. Также доступна покупка новых нарядов для персонажей. Спрятанные в мире аркадные автоматы открывают доступ к изометрическим уровням, на которых предстоит управлять другим героем, Рекстро, для получения наград.

Дневник авантюриста помогает отслеживать все внутриигровые предметы, а разблокируемые закладки обеспечивают быстрое перемещение между ключевыми точками. За Q.U.I.D.S. можно приобретать подсказки о расположении заданий и коллекционных вещей. Всего в этой игре предстоит найти 300 волшебных Pagies. Сюжет подаётся в формате иллюстрированной книги с новыми сценами, отражающими приукрашенный рассказ Юки и Лейли о минувших событиях. Такой подход вводит иную структуру в развитие игрового процесса.