Anomaly 2 - тауэр-дефенс с элементами стратегии. В 2018 году на планету вторглись инопланетные роботы. Оставшиеся выжившие люди сбиваются в небольшие конвои в поисках припасов и пытаются выжить в тундре. Игрок управляет человечком по имени Юкон, взявший на себя ответственность лидера группы людей. Отныне люди стали аномалией на своей же земле.

В отличие от многих игр "оборонительного жанра" Anomaly 2 позволяет не ждать на одном месте, пока придут враги, а самому пойти в наступление. Причем придерживаться конкретной тактики не выйдет. Из земли будут постоянно вылезать щупальца, трескаться дорога, рушиться скалы, взрываться здания и т.д. Игровой процесс условно делится на два типа. Первый состоит в том, когда конвой пытается пробить себе маршрут, а второй - управление капитаном отряда, которому необходимо лечить своих подопечных, вызывать подкрепления, замораживать противников и самому принимать участие в военных действиях.

Среди техники присутствуют БТРы с Гатлингом и танки, представляющие собой трансформеров, которые могут в определенный момент разложиться в робота и преодолеть маршрут "на своих двоих". Все юниты в Аномалия 2 имеют уникальные особенности, дарующие широкий спектр стратегических возможностей. Мультиплеер позволяет занять как сторону людей, пытающихся вырваться из атаки инопланетных захватчиков, так и сторону пришельцев, преследующие цель уничтожить человеческую расу.