Действия Anno 1602 разворачиваются в Новое время. Игрокам необходимо обосноваться на архипелаге, занимаясь строительством колонии. Потребуется исследовать технологии, обучать армию, решать экономические вопросы, торговать, вести дипломатию с соседними странами и т.д. Игровой процесс Анно 1602 сочетает механики градостроительного симулятора и стратегии в реальном времени.

Большая часть геймплея акцентируется на экономической составляющей, отводя бои на второй план. Включены дополнения By Royal Command, New Islands и Adventures. Игрокам предстоит взять под свое управление неопределенную европейскую державу. Цель состоит в том, чтобы расширить свою территорию, обживая все прилегающие острова. Представлено 6 основных сценариев и 9 дополнительных. В Anno 1602: Creation of a New World доступен режим свободной игры, не ставящий никаких целей и ограничений.

Иногда предстоит вступать в бой с захватчиками из других континентов. Поэтому очень важно строить казармы, изучать военное дело и развивать технологии. Большинство построек можно улучшать. Необходимо предоставлять горожанам хорошие условия жизни, а также устанавливать уровень налогов, чтобы пополнять бюджет. Чтобы начать обучаться военному делу, требуется достичь определенного уровня населения. Для разработки оружия потребуется пройти несложную производственную цепочку.

Развиваясь, колония получает доступ к новым постройкам, возможностям, технологиям и вооружению. Если страна переживает экономический подъем, то горожане начинают строить более дорогие и элегантные дома, показывая свой уровень зажиточности. Однако богатая и процветающая страна становится главной добычей для воинствующих держав, жаждущих заполучить богатства державы.