Deadlock 2: Shrine Wars – пошаговая игра в научно-фантастическом сеттинге. Перед прохождением представлен выбор из нескольких инопланетных рас для дальнейшего управления. В геймплее пользователю потребуется контролировать колонии и из действия на поверхности миров. Каждый матч происходит на картах маленького, среднего или большого размера (от 1 до 9000 плиток).

Каждая местность, имеющая грани, подвергается застройке, захвату и необходима для разных выгод. Игрок сможет колонизировать каждую плитку технологией "Колонизатор", либо завоевывать вражеские местности, уже прошедшие обработку машинами. На каждой локации существует сетка 6х6, а в каждом квадрате устанавливается здание, заводы, казармы или оборона. По всей области размещены ресурсы для добычи, необходимые во время найма юнитов и строительства.

В одиночной кампании Deadlock II: Shrine Wars представлен выбор между расами и видеовставки, расширяющие историю. В каждом уровне имеется уникальный набор заданий и второстепенных квестов. Сравнивая с первой частью, геймплей потерпел многие изменения и получил нововведения. Появилась возможность устраивать дипломатические союзы, изучить больше технологий, юнитов и зданий. Вода теперь не безжизненная территория, поскольку на ней можно построить города и добывающие материалы здания.