В Arcade Boy рассказывается история мальчика, который отправился в игровой салон, чтобы поиграть на автоматах. Придя туда, он начинает слышать странный голос, исходящий от одного из автоматов. А потом он просто исчезает. Очнувшись, парень обнаруживает себя внутри аркадного аппарата, но не в том виде, в котором его привыкли видеть другие. Это превращается в настоящее противостояние между машинами нового и старого поколения, и главный герой принимает в нем непосредственное участие.

Чтобы решить глобальную проблему, которая стоит в центре сюжета Arcade Boy, необходимо пройти ряд испытаний. С самого начала парень встречает странное существо, которое будет исполнять роль гида в этом мире. Оно объяснит, по какому принципу следует проходить некоторые локации, и как использовать определенные предметы, что выдаются в начале пути. Например, в одном из первых уровней необходимо преодолеть разрыв, над которым располагаются огромные трубы. Нужно пробраться через них таким образом, чтобы не упасть в низ. Следующий сегмент предложит пропрыгать по платформам, а основной помехой будет огромный пропеллер, медленно вращающийся в центре пути. Так, чтобы не зацепить лопасти и не свалиться вниз, нужно рассчитать амплитуду и вовремя совершить прыжок. Некоторые локации будут значительно превосходить предыдущие уровни по габаритам и масштабам, но вместе с этим возрастет и количество испытаний. Например, придется уклоняться от платформ с шипами, или пролетать через туннели на мини-самолетах. Так или иначе, сложностей будет достаточно, и каждый раз придется адаптироваться к ситуации.