MechCommander 2 предлагает окунуться в атмосферу тактических сражений с участием массивных роботов, где немаловажным фактором является тактика. Игрок является командиром отряда наемников, которые управляют теми самыми боевыми роботами. Они принимают участие в глобальном конфликте, который развернулся на планете Карвер V. В общей сложности, сюжетная кампания состоит из 24 последовательных миссий, которые происходят в разных частях планеты и предлагают различные условия для достижения цели.

Перед стартом очередного задания в MechCommander II пользователь может самостоятельно выбрать, какие роботы будут участвовать в конкретной операции. Это важно, ведь главным ограничителем, как ни странно, является вес боевых машин. Поэтому, некоторых можно облегчить, сделав более мобильными, а других наоборот усилить, предоставив тяжелое вооружение. Например, одни будут вытягивать врагов на себя, уклоняясь от атак, а другие будут накрывать неприятелей прицельным огнем из ракетных установок или бластеров. Помимо мехов (боевых роботов) можно заручиться поддержкой военной техники. Например, с помощью миноукладчика можно закрыть определенную территорию и, заманив туда врагов, нанести им огромный урон. Что касается прогресса и успехов выполнения заданий, то это отображается в уровне мастерства пилотов. Он отображается 4 званиями: регулярный, ветеран, элитный и ас.

Чтобы повышать показатели и зарабатывать новые звания, необходимо уничтожать как можно больше единиц вражеской техники, а также выполнять сторонние задания помимо основных. Чем дальше по сюжету заходит игрок, тем сложнее становятся ситуации, и тактику ведения боя приходятся раз за разом менять. А чтобы не переигрывать сложные моменты в отдельных уровнях, можно использовать опцию быстрого сохранения. Тогда, в случае смерти, можно продолжить бой с указанного места.