Incubation: Time Is Running Out отправляет пользователей в далекое будущее, где люди смогли организовать межзвездные перелеты и создавать колонии в разных солнечных системах. Одна из таких колоний, называемая Ностальгией, и станет основным местом действия в игре. В один момент она подвергается атаке Скайгеров - местной формой жизни, мутировавшей из-за воздействия сторонних микроорганизмов. Геймерам же предстоит защитить собственную территорию и спасти колонию от потенциального уничтожения.

Первый шаг, с которого начинается игровой процесс в Incubation: Time Is Running Out - выбор бойцов для собственного отряда. Юниты делятся на несколько категорий: легкие, штурмовые, тяжелые, особая группа и командиры. У каждого подразделений свой личный состав с уникальным вооружением и характеристиками для каждого солдата. Поэтому, в зависимости от того, какой игровой стиль предпочитает геймер, он может определиться с выбором отряда. Основными характеристиками для юнитов являются боеспособность и запас здоровья. Их можно повышать и улучшать посредством получения опыта за убийство враждебных существ. В зависимости от того, что находится на вооружении у конкретного солдата, его урон будет отличаться, и даже с учетом потенциальных улучшений определенные стволы не будут приравниваться по уровню боевой мощи. Немаловажным будет и стартовое положение воинов на клетках. В зависимости от того, как они позиционируются на поле боя, им потребуется различное количество очков действий для перемещений и атаки врага. Кроме того, на картах доступны сторонние объекты, с которыми можно будет взаимодействовать и получать от этого дивиденды.